การฝังเข็มเป็นการรักษาที่มีความปลอดภัยสูงเมื่อทำโดยแพทย์ผู้เชี่ยวชาญที่ได้รับใบอนุญาต องค์การอนามัยโลกและสถาบันสุขภาพแห่งชาติสหรัฐยอมรับว่าการฝังเข็มเป็นวิธีการรักษาที่ปลอดภัย อย่างไรก็ตาม ควรทราบข้อมูลก่อนรับการรักษา
ผลข้างเคียงที่พบได้บ้าง ได้แก่ รอยช้ำเล็กน้อยบริเวณที่ฝังเข็ม ซึ่งจะหายไปใน 2-3 วัน อาจรู้สึกเวียนศีรษะเล็กน้อยหลังรักษาหากท้องว่าง และบางรายอาจรู้สึกอ่อนเพลียหรือผ่อนคลายมากหลังการรักษา
ผลข้างเคียงรุนแรงพบได้น้อยมากเมื่อทำโดยแพทย์ที่มีใบอนุญาต คลินิกที่ได้มาตรฐานจะใช้เข็มปลอดเชื้อแบบใช้ครั้งเดียว ทำความสะอาดผิวหนังก่อนฝังเข็ม และปฏิบัติตามมาตรฐานความปลอดภัยอย่างเคร่งครัด
ผู้ที่ควรแจ้งแพทย์ก่อนฝังเข็ม ได้แก่ หญิงตั้งครรภ์ ผู้ที่มีโรคเลือดไหลไม่หยุด ผู้ที่ใช้ยาละลายลิ่มเลือด ผู้ที่มีเครื่องกระตุ้นหัวใจ และผู้ที่มีโรคผิวหนังบริเวณที่จะฝังเข็ม
การเลือกคลินิกที่มีมาตรฐานและแพทย์ที่มีใบอนุญาตเป็นสิ่งสำคัญที่สุด หากมีข้อสงสัยเกี่ยวกับความปลอดภัย ควรสอบถามแพทย์ก่อนรับการรักษา